A las 9,30 del domingo 12 de junio, solemnidad de Pentecostés, el Santo Padre presidió la Santa Misa en la Basílica Vaticana.
En la homilía, el Papa afirmó que “el Espíritu creador de todas las cosas, y el Espíritu Santo que Cristo hizo descender desde el Padre sobre la comunidad de los discípulos, son uno y el mismo: creación y redención se pertenecen mutuamente y constituyen, en el fondo, un único misterio de amor y de salvación”.
“El Espíritu Santo -continuó- es ante todo Espíritu Creador y por tanto Pentecostés es la fiesta de la creación. Para nosotros los cristianos, el mundo es fruto de un acto de amor de Dios, que hizo todas las cosas. (…) Por ello, Dios no es el absolutamente Otro, innombrable y oscuro. Dios se revela y tiene un rostro. Dios es razón, Dios es voluntad, Dios es amor, Dios es belleza”.
Benedicto XVI explicó que “el Espíritu Santo es Aquel que nos hace reconocer en Cristo al Señor, y nos hace pronunciar la profesión de fe de la Iglesia: “Jesús es el Señor”. En este sentido, señaló que “al rezar el Credo entramos en el misterio del primer Pentecostés. (…) En el Credo que nos une desde todos los extremos de la tierra, que, mediante el Espíritu Santo, hace que nos comprendamos aún en la diversidad de las lenguas, a través de la fe, la esperanza y el amor, se forma la nueva comunidad de la Iglesia de Dios”.
Tras poner de relieve que “el Espíritu Santo anima a la Iglesia”, el Papa subrayó que “no procede de la voluntad humana, de la reflexión, de la habilidad del ser humano y de su capacidad organizativa, ya que si fuese así ya se habría extinguido desde hace tiempo, como sucede con todo lo humano. La Iglesia, en cambio, es el Cuerpo de Cristo, animado por el Espíritu Santo”. 
“La Iglesia -dijo- es católica desde el primer momento; su universalidad no es fruto de la inclusión sucesiva de comunidades diversas. Desde el primer instante, de hecho, el Espíritu Santo la creó como Iglesia de todos los pueblos; abraza al mundo entero, supera todas las fronteras de raza, clase, nación; abate todas las barreras y une a los hombres en la profesión del Dios uno y trino. Desde el principio la Iglesia es una, católica y apostólica: esta es su verdadera naturaleza y como tal debe ser reconocida. Es santa no gracias a la capacidad de sus miembros, sino porque Dios mismo, con su Espíritu, la crea, la purifica y la santifica siempre”.
Benedicto XVI concluyó refiriéndose a la expresión del Evangelio de hoy: “Los discípulos se llenaron de alegría cuando vieron al Señor”. (…) Hoy, en Pentecostés, esta expresión está destinada también a nosotros, porque en la fe podemos verle; en la fe Él viene entre nosotros, y también a nosotros nos muestra las manos y el costado, y nos alegramos. Por eso queremos rezar: ¡Señor, muéstrate! Haznos el don de tu presencia y tendremos el don más bello: tu alegría”.