Capítulo 1: Los inicios
Como toda nuestra Diócesis, los inicios estuvieron marcados por la provisionalidad y la pobreza; pero a la vez por un gran espíritu de fe y de confianza en la Providencia de Dios. Monseñor Orozimbo Fuenzalida (Q.E.P.D.) sentía muy vivamente la escasez de sacerdotes frente a miles de personas que necesitaban alimento y atención espirituales, y no solamente asistencia social y económica.
El Seminario se fundó con fecha 18 de marzo de 1989 y el primer Rector fue el Pbro. José Baeza Aguiar hasta entonces Párroco de la Parroquia de San Bernardo (Iglesia Catedral), quien junto a dos Formadores (Pbro. Antonio Pérez-Mosso y diácono Andrés Chamorro) y un Director espiritual (Pbro. Jesús del Castillo) residentes y algunos externos conformaban el equipo de formación del Seminario. Los alumnos en total eran 27: provenían de un grupo de seminaristas originarios de la Diócesis que se formaban hasta entonces en Santiago, otro grupo proveniente de Valparaíso de diferentes cursos y ocho alumnos nuevos. De entre ellos 16 llegaron al sacerdocio; 10 continúan ejerciendo el ministerio en nuestra diócesis y 3 de los que ingresaron a primer año en ese 1989 (Fernando Barrera, René Hormazábal y Patricio Romero). Asistían también a las clases 9 seminaristas religiosos de la orden de la Madre de Dios, que residían en su casa en Santiago.
Todavía no se disponía de un edificio único donde funcionar; por eso, a inicios de abril se dispuso de tres lugares: una casa antigua, propiedad del Obispado, ubicada en Barros Arana 835 donde vivían los alumnos de Teología y se dictaban todas las clases; una casa de retiros (prestada) ubicada en calle Maipú, propiedad de la Congregación de Sacerdotes del Corazón de Jesús, donde vivían los alumnos de Filosofía y se ubicaban el comedor y la Capilla principal; y una casa arrendada en la misma calle Maipú, vecina de la anterior, donde vivían los alumnos de primer año o Propedéutico.
Se contaba con un grupo de 16 Profesores mayoritariamente del clero diocesano, algunos religiosos y laicos destacados. Para hacer deporte se contaba con una pequeña cancha que prestaba el Instituto Sagrado Corazón. Y los fines de semana los seminaristas iban a colaborar en las parroquias con algún apostolado.
Antes de comenzar todo Monseñor Orozimbo había viajado a Europa a pedir ayudas de diferente tipo. Tuvo una entrevista con el Papa Juan Pablo II en la que le pidió si le podía ayudar a conseguir sacerdotes polacos que vinieran a San Bernardo, y el Papa le dijo respecto de los futuros sacerdotes para la diócesis: “¡Fórmelos Usted!
Capítulo 2. Los años del primer Rector (1989-1991)
El primer Rector de nuestro Seminario fue el Pbro. José Baeza Aguiar quien además tenía el cargo de Vicario General de la Diócesis desde 1987; ejerció el cargo de Rector desde la fundación en marzo de 1989 hasta diciembre de 1991. Al momento de la creación de la diócesis pertenecía al clero de la arquidiócesis de Santiago y era párroco de la Parroquia de San Bernardo. Le había correspondido la ardua labor de reconstrucción de esa Iglesia luego del terremoto del año 1985; ahora fue llamado a llevar adelante los primeros años de este Seminario recién fundado. Además, desde el Seminario atendía la celebración de la Misa diaria de las religiosas Hijas de Santa Ana del Hospital Parroquial y los domingos la Capilla Nuestra Señora del Rosario de la Parroquia San Ignacio de Loyola, que después iba a ser la sede de la Parroquia Nuestra Señora de Lourdes en la Villa Nocedal.
En cuanto a los edificios, en el año 1990 se dejaron de ocupar los establecimientos de la calle Maipú y se comenzó a ocupar un edificio recién construido en la calle Barros Arana 966, que actualmente recibe el nombre de Casa Nazareth. Allí se ubicaron los alumnos de Filosofía y Propedéutico, el comedor y la Capilla; de este modo se lograba una mayor cohesión con las dependencias ubicadas en la vereda de enfrente y un poco más allá donde se realizaban las clases y vivían los alumnos de teología. Entre tanto, el Sr. Obispo ya había comprado un terreno en el extremo sur de la calle Barros Arana, en Mateo de Toro y Zambrano, un sector de parcelas agrícolas que se extendían hasta calle General Urrutia. Allí se iniciaron las labores de construcción del Seminario definitivo y de la residencia del Obispo Diocesano, que fueron inaugurados en la Fiesta de San Pedro y San Pablo del año 1991 con presencia del Sr. Nuncio Apostólico Mons. Giulio Einaudi, numerosas autoridades eclesiásticas y civiles, el clero de la diócesis y fieles representantes de todas las parroquias. Los arquitectos tenían el concepto de una construcción austera y sólida, en bloques de cemento que evocan la piedra y a la vez de líneas modernas, con pabellones independientes conectados con patios cubiertos de pasto verde, dotado de todas las dependencias necesarias: Capilla, salas de clases, dormitorios, comedor, cocina, etc. El resto del terreno fue plantado de nogales obsequiados por uno de tantos benefactores.
A mediados del año 1990 regresó a España el Pbro. Antonio Pérez-Mosso; otro sacerdote ocupó su cargo de forma interina hasta que llegó de Roma el Pbro. Andrés Chamorro en junio de 1991 quien asumió el cargo de Prefecto de Estudios. A fines de 1990 el Pbro. Jesús del Castillo, Director espiritual del Seminario, asumió como párroco de la Catedral luego del fallecimiento del Pbro. Luis Farré que tenía ese cargo, por lo que fue nombrado el Padre Andrés Theunissen, SCJ como nuevo Director espiritual; era holandés y ejercía su ministerio en el Colegio Instituto Sagrado Corazón desde hacía muchos años. A fines del año 1991 el Pbro. José Baeza renunció al cargo de Rector por razones de salud y se trasladó a Santiago donde continuó su ministerio como confesor en la Iglesia Catedral Metropolitana hasta su fallecimiento algunos años después.
En cuanto a los alumnos en total, habían 36 en 1989, 32 en 1990 y 29 en 1991. Los recién ingresados a primer año fueron 7 en 1989, 8 en 1990 y 7 en 1991. De esas promociones llegaron al sacerdocio y ejercen el ministerio en nuestra Diócesis 3 de 1989, 1 de 1990 (Pbro. Boris Messina) y ninguno de 1991. De los cursos superiores, formados mayoritariamente en otros lugares recibieron la Ordenación sacerdotal y continúan entre nosotros 1 en 1990 (Pbro. Mauricio Pérez) y 3 en 1991 (Pbros. Mario Bernal, Mario Grandón y Eric González).
Capítulo 3: Durante el segundo Rector (1992 -1995)
El Pbro. Pedro de la Noi Ballacey comenzó a hacer clases de Filosofía en nuestro Seminario en el año 1990; Monseñor Orozimbo Fuenzalida recurrió a él para venir a nuestra Diócesis a colaborar como Rector del Seminario, una vez renunciado el Padre José Baeza. El Padre Pedro comenzó su labor en marzo de 1992, con el permiso del Arzobispo de Santiago, arquidiócesis a la que pertenece.
Durante este período se cultivó y desarrolló la música litúrgica y el canto gregoriano lo que condujo (año 1993) a la grabación de dos “casettes” cantados por los seminaristas, uno de gregoriano y otro de Himnos de la Liturgia de las Horas, que se hicieron célebres tanto en la Diócesis como fuera de ella.
En la pastoral vocacional se promovió la catequesis acerca del ministerio sacerdotal a fin de que este tema estuviera presente en las enseñanzas impartidas a los jóvenes desde temprana edad. Y para jóvenes y adultos se prepararon dos “vídeos” de contenido vocacional: uno acerca de la vida cotidiana en el Seminario y otro acerca de la relación existente entre una vida familiar cristiana y el surgimiento y desarrollo de la llamada de Dios al sacerdocio.
En el año 1994 la Santa Sede envió a un Visitador Apostólico a todos los Seminarios de Chile; el nuestro lo recibió en el mes de septiembre; era un Obispo proveniente de Argentina, Monseñor José Luis Arancibia. Fue un momento importante de encuentro con un representante del Papa, quien mantuvo durante algo más de dos días reuniones con los Formadores, los Profesores, los seminaristas y en general, se hizo partícipe de toda la vida cotidiana del Seminario para reafirmar la fidelidad a las Normas acerca de la formación sacerdotal emanadas por el Concilio Vaticano II y la Exhortación Apostólica “Pastores dabo vobis” del Papa San Juan Pablo II.
En el ámbito académico se organizó el Primer Congreso Teológico de nuestra Diócesis con motivo de la publicación de la Encíclica “Evangelium Vitae” del Papa San Juan Pablo II (en 1995), que contó con la participación de casi todos los profesores del Seminario, quienes desde la propia especialización expusieron durante varios días la temática de la dignidad de la vida humana: desde la filosofía, la teología dogmática, teología bíblica, moral y derecho canónico. Las sesiones se realizaron en el Salón que se encuentra junto a la Iglesia Catedral y contó con abundante asistencia de fieles laicos y personas consagradas; se recuerda la honorífica presencia del Sr. Embajador de Polonia de la época y de algunos periodistas de la Revista “Artes y Letras” de “El Mercurio”.
Durante este período la cantidad de seminaristas fluctuó entre 23 (año 1993) y 40 (año 1995: un máximo histórico). De aquellos que ingresaron en la época se encuentran ejerciendo el ministerio en nuestra Diócesis 5 sacerdotes: Juan Burgos y Ennio Nalli (entraron en 1993), Rodrigo Bulboa, Robin Sáez y Laureano Gutiérrez (entraron en 1994). A fines del año 1995 el Cardenal Carlos Oviedo nombró al Padre Pedro de la Noi como párroco en su Arquidiócesis, razón por la que tuvo que dejar el cargo de Rector.
Capítulo 4: Durante el tercer Rector (1996 -2000)
Comenzando el año 1996 Monseñor Orozimbo Fuenzalida nombró Rector del 
Seminario al Padre Mario Bernal Rodríguez quien hasta ese momento se desempeñaba como Vicerrector desde mediados del año anterior; y que provenía de varios años de párroco de la Parroquia Divino Maestro de San Bernardo y de desempeñarse también como Secretario del mismo Sr. Obispo. El Padre Mario había concluido su formación sacerdotal en nuestro Seminario y había sido ordenado sacerdote en septiembre del año 1991, es decir, tenía cuatro años y medio de sacerdocio.
Durante este período se quiso subrayar la importancia de la vida interna del Seminario, de acuerdo a las directrices de la Iglesia y de la recientemente concluida Visita Apostólica; a fin de realizar de mejor manera la formación y el discernimiento de las vocaciones sacerdotales.
Esta fue también una época en que la Iglesia universal, conducida por el Papa San Juan Pablo II se estuvo preparando para el Gran Jubileo del año 2000 con un trienio dedicado a cada Persona de la Santísima Trinidad: Jesucristo (1997), el Espíritu Santo (1998) y el Padre (1999), que marcaron la meditación de esos años. En este contexto, al Seminario le correspondió colaborar en los preparativos de la Dedicación de la nueva Iglesia Catedral de San Bernardo, con diversas celebraciones litúrgicas a lo largo del año 2000, que culminó en la solemne ceremonia presidida por el Cardenal Darío Castrillón Hoyos, Prefecto de la Congregación del Clero y Legado Pontificio; quien también visitó las dependencias de nuestro Seminario el 25 de noviembre de ese año.
Otro acontecimiento eclesial diocesano que comenzó a marcar la vida del Seminario Mayor fue la fundación del Seminario Menor Mater Dei a inicios del año 1996; pues el Rector del Mayor era el mismo del Menor, con la colaboración de un clérigo en la casa de Barros Arana 835 donde se instaló. Tenía por finalidad establecer un régimen de internado para los jóvenes de Enseñanza Media que hubiesen iniciado a manifestar el deseo de ser sacerdotes en el futuro; de tal modo de proporcionarles una formación espiritual adecuada a su situación.
La cantidad total de seminaristas de la época fluctuó entre 30 (1996) y 24 (2000). De los seminaristas que ingresaron en este período llegaron a la ordenación sacerdotal y continúan ejerciendo el ministerio en la diócesis 5: los Pbros. Ernesto Guajardo y Juan Francisco Larraín (ingresados en 1999); Víctor Castillo, Marcelo Guzmán y Jorge Ramírez (ingresados en el año 2000).
Capítulo 5: Durante el cuarto Rector (2000 -2004)
Monseñor Orozimbo Fuenzalida nombró como nuevo Rector del Seminario al 
Pbro. Patricio Barría Aravena en octubre del año 2000; quien tenía 11 años de sacerdocio y había ejercido su ministerio en varias parroquias de la Diócesis.
Al Padre Patricio le correspondió conducir el Seminario durante los últimos tres años del episcopado de Monseñor Orozimbo y el primer año de Monseñor Juan Ignacio González con el consiguiente proceso de adaptación a las nuevas circunstancias. El Gran Jubileo del año 2000 culminó con la ya mencionada Dedicación de nuestra Iglesia Catedral en noviembre y en diciembre la solemne Coronación canónica de la imagen de la Santísima Virgen del Carmen por parte del Cardenal Jorge Medina, Prefecto del Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos en nombre del Sumo Pontífice. El año 2001 comenzó con el renovado impulso dado por el Papa San Juan Pablo II a la Iglesia en el nuevo Milenio y su llamada a la santidad cristiana como prioridad pastoral.
En esta perspectiva el Seminario se abrió a un nuevo tipo de apostolado en los medios de comunicación, comenzando un programa semanal en la Radio María de Guadalupe; que luego de unos años se traslado a Radio María. Un programa de evangelización realizado por los mismos seminaristas y realizado en el mismo Seminario, donde los futuros sacerdotes pudieron mostrar su estilo de vida y sus talentos para comunicar.
Monseñor Fuenzalida quiso también dar un nuevo impulso al Seminario Menor construyendo un edificio propio en el terreno del Seminario Mayor, que fue inaugurado el 26 de abril del 2003, dotándolo de un Rector propio y estable. Esto significó que los Formadores del Seminario Mayor pudieran concentrarse mejor en su propia misión.
En estos años también se avanzó considerablemente en el mejoramiento de las dependencias del Seminario, para hacerlo más acogedor; con la colaboración e iniciativas de un sacerdote anciano de Santiago, Monseñor Sergio Correa, célebre por ser el impulsor de la Fundación “Las Rosas” a favor de los ancianos desposeídos, se pudo hermosear la Capilla del Seminario Mayor y comenzar la construcción de pasillos cerrados que unieran las diversas dependencias: de este modo se favoreció tanto el culto divino como la vida comunitaria.
El día 23 de noviembre del año 2003 fue consagrado Obispo de San Bernardo y tomó posesión de la sede Monseñor Juan Ignacio González Errázuriz, quien desde el inicio de su episcopado quiso estar presente con frecuencia en la vida del Seminario y compartir también los momentos de convivencia fraterna entre los seminaristas.
Durante este período el número de alumnos fluctuó entre los 26 (2002) y los 30 (2003). De los que ingresaron, llegaron al sacerdocio y ejercen actualmente el ministerio en nuestra diócesis: Reinaldo Gajardo (2001), José Antonio Bustamante y Mauricio Romero (2002), José Basadre (2003), Raúl Pinto y Darío Polanco (2004).
Capítulo 6. El quinto Rector, Pbro. Juan Burgos (2004 a 2010)
A mediados del año 2004 el Sr. Obispo Mons. Juan Ignacio González envió al ya entonces Formador del Seminario Pbro. Juan Burgos a un Curso internacional 
para Formadores de Seminarios organizado por la OSLAM (Organización de Seminarios de Latinoamérica) dependiente del CELAM (Consejo Episcopal Latinoamericano), que se realizó durante un mes completo en la ciudad de Luján en Argentina. A su regreso, lo nombró Rector del Seminario Mayor San Pedro Apóstol, cargo que desempeñó por el período de seis años, hasta septiembre de 2010. El Padre Juan a la sazón tenía solamente 4 años de ordenación sacerdotal, el más joven de entre los que hasta el momento habían detentado el cargo; y el primero de entre los sacerdotes formados completamente en este mismo Seminario.
El primer gran acontecimiento eclesial de este período fue la muerte del Papa San Juan Pablo II y la elección del Papa Benedicto XVI en abril del año 2005, acontecimientos que van a marcar los años sucesivos de la formación seminarística en fidelidad al Magisterio pontificio.
También en esta época se fueron subrayando algunos aspectos que el Sr. Obispo quiso imprimir, como por ejemplo, el cultivo de la vida comunitaria por medio de paseos de tres días durante el año, uno por cada comunidad (propedéutico, filosofía y teología), y uno más extenso en el período veraniego en el mes de enero. También la presencia frecuente de Monseñor Juan Ignacio en la vida habitual del mismo Seminario, en las clases, en la celebración de la Misa dos veces por semana, reuniones con los Formadores, otras actividades con los seminaristas y en cada Jornada Vocacional.
En este tiempo se continuó mejorando la infraestructura del Seminario, en particular los pasillos que unen las diversas dependencias, la construcción de oficinas para la Rectoría y sobre todo de una gran Biblioteca, inaugurada y bendecida por el Sr. Nuncio Apostólico Mons. Aldo Cavalli. Esta Biblioteca está dotada de una sección donde se conservan los libros, una amplia sala de lectura, un segundo piso que cumple la misma finalidad junto a salas de reuniones y una sección de ubicación de computadores. También se dispuso de un nuevo Oratorio más pequeño ubicado en el pasillo central, muy apto para Misas con comunidades más pequeñas y para la Adoración y Visitas al Santísimo Sacramento, ornamentada con pinturas realizadas por el Sr. Marcelo Guerra con reproducciones de la Virgen de Guadalupe y episodios de Rafael acerca de la vida de San Pedro.
En estos años hubo una gran cantidad de alumnos en el Seminario, fluctuando entre 19 (año 2005) y 26 (año 2006); a partir del año 2005 comenzaron a formarse aquí seminaristas de la Diócesis de Calama en un número entre 2 (2005) y 7 (2010). De entre ellos, llegaron a la Ordenación sacerdotal y continúan en nuestra Diócesis los Pbros. Raúl Pinto, Darío Polanco, Oscar Herrera, Álvaro Aedo y Eduardo Matías Pérez. Y en Calama el Pbro. David Gahona.
Capítulo 7: El sexto Rector, Pbro. Andrés Chamorro (2010-2014)
En el mes de septiembre de 2010 fue nombrado Rector el Pbro. Andrés Chamorro de la Cuadra quien se desempeñaba desde 1991 como Prefecto de Estudios y era párroco de la Parroquia Nuestra Señora del Carmen y con 21 años de sacerdocio.
Durante su período se procuró fomentar todos los aspectos de la vida formativa del Seminario y de las exigencias propias del discernimiento de la autenticidad de las vocaciones; junto a un incremento de las Jornadas Vocacionales tanto de adultos (una vez al mes) como de adolescentes (dos veces al mes), así como las visitas mensuales a diferentes Parroquias de la Diócesis con esta finalidad de promoción vocacional entre los jóvenes y de la oración entre los adultos; con la compañía y presencia del Sr. Obispo en todas estas iniciativas.
Correspondió recibir insignes visitas que marcaron la vida del Seminario en su vinculación espiritual con el Sucesor de San Pedro, el Papa, en la persona del Excmo. Sr. Nuncio Apostólico Ivo Scapolo en su Visita oficial; y al Emmo. Sr. Cardenal Antonio Cañizares LLovera, Prefecto de la Congregación del Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos, quien nos transmitió la primacía y centralidad de Dios y la Liturgia en la vida de la Iglesia y del sacerdocio. En otras materias, se tuvieron Clases Magistrales al inaugurar cada Año Académico con insignes profesores como el Sr. Cardenal Jorge Medina, el Dr. Rodrigo Moreno y el Sr. Antonio Amado.
También fueron muy significativas las celebraciones prolongadas en respectivos Años Jubilares de los 25 años de la Diócesis (julio 2012 a 2013) y de la fundación del mismo Seminario Mayor (marzo 2014 a 2015); en este último caso con la abundancia de las Indulgencias concedidas por el Santo Padre, extensivas a todos los fieles de la Diócesis, unidas a una intensa oración por la santificación de los sacerdotes y seminaristas.
El Rector y los Formadores participaron en Semanas de Estudio y Formación específicas para ellos en la Pontificia Universidad de la Santa Cruz en Roma en el mes de febrero de los años 2012 y 2014, compartiendo con Formadores de Seminarios de todo el mundo y trayendo la Bendición Apostólica de los Pontífices Benedicto XVI y Francisco.
En la vida diaria del Seminario también han tenido siempre una gran importancia el equipo del personal administrativo conducido por el Sr. Manuel Acuña quien logró contar con un grupo de personas muy competentes y unidas en su misión: la cocina, los jardines, la conducción de los vehículos y la familia de cuidadores ya residentes establemente.
En el presente año 2014 el P. Andrés, luego de celebrar en el Seminario solemnemente sus 25 años de sacerdocio, acompañado por el Sr. Obispo, numerosos sacerdotes, religiosas y laicos, dejó el cargo de Rector; y el 12 de septiembre asumió el Pbro. Robin Sáez Osses, hasta el momento Párroco de la Parroquia Ascensión del Señor y Vicario episcopal de la Familia.
Capitulo 8: El séptimo Rector, pbro. Robin Sáez (2014-)
Al poco tiempo de asumir el nuevo rector, se incorporó el pbro. Rodrigo Bulboa como director espiritual residente, conformando así, junto al pbro. Álvaro Aedo (quien desde mediados de 2015 asumió también como Prefecto de Estudios) el equipo formativo hasta el día de hoy.
Un acento particular de este período es el interés por la promoción vocacional, fomentando en toda la Diócesis una “cultura vocacional”, que busca en primer lugar suscitar una intensa y permanente oración por las vocaciones entre los fieles. Fruto de esta actividad pastoral es la formación en tiempos recientes de un grupo de laicos que mensualmente se reúnen para recibir formación específica en su apostolado de oración por las vocaciones.
En el plano espiritual interno se adoptó que en los tiempos de meditación comunitaria siempre se realice con adoración eucarística, buscando acrecentar así la piedad al Corazón Eucarístico de Jesús.
Otra preocupación, promovidos por Mons. Juan Ignacio, ha sido la formación específica de los formadores para esta delicada labor en la Iglesia, con cursos en Quito y Roma casi todos los años.
Como novedades de esta etapa del Seminario, ha sido la llegada como alumnos externos de una orden religiosa llamada “Pobres de Jesucristo o Fraternidad del Camino” que ha ampliado la comunidad de alumnos; y la incorporación de profesoras (una Doctor en Filosofía y otra como profesora de Inglés) en el cuerpo académico.
Finalmente, luego de varios años de trabajo, a fines de 2017 se realizó, aprobado por la Santa Sede, un convenio de afiliación con la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, que reconociendo toda nuestra estructura académica permite a nuestros alumnos egresados poder presentarse a esa Facultad en orden a rendir un examen general para obtener la Licenciatura civil en Teología que equivale al Bachillerato canónico en Teología.